حضرت آیت الله سید علی خامنه ای، یک روز قبل از فاجعه هفت تیر در تاریخ 6/4/1360 در مسجد اباذر – در جنوب غربی تهران – در حال سخنرانی مورد سوء قصد قرار گرفت و در یک انفجار ناجوانمردانه  زخمی شد. از طراحان این انفجار جواد قدیری بود که به هنگام فرار از کشور به بعضی از متهمین که بعداً دستگیر شده بودند، گفته بود که فردا یعنی روز 7/4/1360 کار نظام اسلامی تمام است و این تاریخ همان روزی بود که فاجعه هفتم تیر اتفاق افتاد!

حجة الاسلام علی اکبر ناطق نوری درباره واقعه ترور آیت الله خامنه ای می گوید: « آقا که در مسجد ابوذر ترور شد، در مجلس بودم. وقتی که خبردار شدم بلافاصله خودم را به بیمارستان بهارلو در میدان راه آهن رساندم. وقتی به بیمارستان رفتم، آقا را برده بودند اتاق عمل، خانمشان هم تشریف آورده بودند. محافظین هم حضور داشتند. آقای جباری راننده آقا بود...او در سرعت عمل و رساندن آقا به بیمارستان خیلی نقش اساسی داشت. ایشان نقل می کرد که اول آقا را آوردم درمانگاه عباسی، آنجا امکانات نداشتند و نپذیرفتند. سریع به بیمارستان بهارلو آمدیم. پزشکان معتقد بودند اگر آقا پنج دقیقه دیرتر به بیمارستان می رسید کار تمام بود و همچنین انفجار اگر سمت ایشان را گرفته بود قطعاً به قلب ایشان آسیب جدی می رسید. اما خداوند خواست این قلب تپنده نظام از کار نیفتد و خداوند ایشان را به عنوان ذخیره انقلاب نگه داشت و حضرت امام هم پیامی درباره ترور آقا دادند که بسیار از ایشان تجلیل کردند».

حضرت آیت الله خامنه ای که در زمان انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیر 1360 در بیمارستان بستری بود، خاطرات خود را از این فاجعه این گونه بیان می کند: « اولین بار شاید روز دوم، سوم بود که من دقیقاً یادم نیست، چون در حال عادی نبودم. جراحی که من را معالجه می کرد، گفت که حزب جمهوری منفجر شده و عده ای شهید شده اند. اما اسم مرحوم بهشتی را نبرد. من چون در حال طبیعی نبودم آنقدر به این حساس نشدم و چیزی نفهمیدم. و بعد هم یادم رفت . در حدود روز دوازده، سیزدهم بود که من اصرار می کردم که روزنامه و رادیو به من بدهند، که از اخبار مطلع شوم . برادرانی که با من بودند، پاسداران و نزدیکان مقاومت می کردند و نمی گذاشتند. من بر اصرار خود اضافه می کردم. آنها می گفتند نمی شود رادیو به اینجا بیاوری، چون دستگاههایی که به قلب و نبض من وصل بود، می گفتند که اینها خراب می شود. گفتم خوب روزنامه بیاورید ، روزنامه که دستگاه ها را خراب نمی کند . روزنامه هم نمی آوردند و من هم خیلی عصبانی شده بودم که چطورمن چیزی میگویم واطرافیان ودوستان من حاضرنیستند حتی یک روزنامه بخرند وبیاورند .یک روز آقای هاشمی رفسنجانی وحاج احمدآقا به عیادت من آمدند .طبق معمول که غالبا می آمدند. نمی دانستم که آمدن اینها را طبیب من خواسته که آنها بیایند وبه من بگویند .طبیب من رو به من کرد وبه آقای هاشمی گفت که : ایشان خیلی اصرار دارند که بهشان رادیو بدهیم. به نظرشما مصلحت است؟ آقای هاشمی گفت: نه .من گفتم :چرا مصلحت نیست؟ ایشان گفتند: رادیو اخبار تلخ دارد.جریانات ناراحت کننده دارد.بعد من همینطور فکر کردم یعنی چه؟ رادیو اخبار تلخ دارد .آقای هاشمی گفتند که ادامه دارد. و می خواستند جریان رابه یک شکلی به من بفهمانند. بعدا گفتند: مثلا دفتر مرکزی حزب منفجر شده و عده ای مجروح شدند . آقای بهشتی هم مجروح شده . در ضمن صحبت اسم آقای بهشتی را هم بردند. من بسیار ناراحت شدم وقتی اسم آقای بهشتی را بردند. شاید هم گریه ام گرفت. یادم نیست. آن روزها هم حال من عادی نبود . یک عمل جراحی سومی هم داشتم. وقتی شنیدم آقای بهشتی مجروح شده از روزنامه و رادیو یادم رفت سوال کنم. از آقای بهشتی پرسیدم .گفتم که وضعشان چطور است؟ حالشان چطور است؟ گفتند که آقای بهشتی حال خوبی ندارند. من خیلی ناراحت شدم و گفتم که باید همه امکانات مملکت را بسیج کنیم تا آقای بهشتی را نجات دهیم. بعد من باز آرام نگرفتم. گفتم وضعشان بهتر از من یا بدتر از من است؟ گفتند: چه فرقی می کند، همینطوری است، بالاخره خبرهای بیرون تلخ است و رفتند. بعد از رفتنشان قدری فکر کردم. به ذهنم رسید که باید مسئله ای باشد. بچه های دور و برم را گفتم و از زیر زبانشان مطلب را کشیدم و حدس زدم که او شهید شده. و بچه ها گفتند همان اول شهید شدند. گفتند که وضع من آن موقع چطور بود، تقریباً خیلی بد بود. و من چون نسبت به آقای بهشتی احساسات برادرانه داشتم و یک اعتقاد همه جانبه داشتم. با ایشان سالهای درازی مانوس بودیم، در ایام انقلاب حدود یک سال و نیم تقریباً شب و روز با هم بودیم. مرتب همه کارهایمان و تلاشهایمان با هم مشترک بود. همین برای من خیلی سخت بود».
آیت الله خامنه ای همچنین در تحلیل فاجعه هفت تیر و تاثیرات این فاجعه در داخل و خارج از کشور می گویند: « حادثه دفتر مرکزی حزب در داخل تاثیرش خیلی زیاد بود. علت هم این بود که مردم به حزب و به این مسئولانی که شهید شدند، علاقه مند بودند. به خصوص بعد از افشاگری مجلس در مورد بنی صدر و اقدام قاطع امام نسبت به بنی صدر از این جریان رو برگردانده بودند و تقریباً به طور یکسره بطلان جریان لیبرالها را فهمیده بودند. وقتی که این حادثه پیش آمد، میزان وحشیگری جریان مخالف را هم فهمیدند. البته جریان دست اندر کار حادثه 7 تیر، جریان آمیخته ای از لیبرالها و منافقین بود. یکسره از لیبرالها نبود. لکن نشان می داد که چقدر آنها مردم ناجوانمردی هستند که حاضرند به خاطر مسائل سیاسی، شخصیتهایی مثل شهید بهشتی و بقیه شهدای 72 تن را در یک حادثه نابود و شهید کنند. این چیزی است که به طور طبیعی هر کس را تکان می دهد. و متوجه بطلان آن جریانی می کند که دست اندر کار این مسئله بود. بنابراین حادثه در داخل ایران جریان انقلاب را یکسره و یکپارچه کرد. اگر مردم تا آن زمان بطلان جریان مخالف را فهمیده بودند در حادثه 7 تیر حقانیت مطلق جریان مخالف لیبرالها و منافقین را که خط امام باشد، احساس می کردند. انعکاس همین در خارج خیلی زیاد بود... آن روزهای اول که من روزنامه را نمی دیدم و از خبرها کامل مطلع نبودم، حتماً افرادی بودند که آن حادثه را به عنوان زوال و نابودی جمهوری اسلامی تفسیر کرده باشند. لکن از این که بگذریم ، در دنیا انعکاس آن حادثه، انعکاس مفیدی بود».